从2001年起基础医学院实施了北京大学“985”建设子项目—“创新型医学人才培养”，投入经费100万元，开放科研实验室，将学有余力的低年级本科生向科研实验室输送,接受较全面的早期科研训练。经过导师与学生的双向选择、专家组的评审，45个子课题被批准实施，共计有248名学生参加。

    2006年在首批国家自然科学基金委理科基地能力提高项目（180万元）、教育部第一批国家大学生创新实验计划项目（20万元）以及医学部配套资金（80万）的支持下，学院又开始了第二期的“创新人才培养项目”，共投入经费280万元，开展了49项课题，有270名学生参加，其中八年制学生占80%。课题内容主要涉及重大疾病的发病机制及治疗、基因功能研究、机体机能调节等方面，指导教师有教授38名、副教授11名，其中包括院士3名、长江学者5名、杰出青年基金获得者4名以及博士生导师29名。

    在学校经费支持的基础上，导师用同等的科研经费作为补贴，让学生在设备精良、经费充足的条件下，利用课余和寒暑假时间参加国家和省、部级课题的研究，通过学习优秀原著论文、文献综述、科研实践和科学论文的撰写，锻炼和培养了他们科研思维能力、创新能力和团队合作精神。近八年学生在国内外期刊发表的文章及综述212篇，其中研究论文144篇，SCI收录64篇。参加项目学习的临床专业学生中每年约有50人申请MD/PhD双学位国际联合培养，20余人获得批准。

    在反馈意见中，学生们写到：“这个计划肯定是有效的,并且是值得坚持的！”；“在此过程中，实验技能、实验思路都有了很大的进步，可以说是质的飞越。” ；“除了科研意识的培养，在实验过程中还学会了如何合作，如何独立思考以及如何冷静分析并解决问题，而这些，都要归功于创新人才培养计划。”；“不但学会了如何将理论与实践联系起来，同时也深刻的体会到了科研的艰辛和漫长。” ；“对于科研的认识也有了新的提高，面对失败的实验结果时，能够客观冷静的面对之，逐渐由沮丧转变为坦然。”…

    2009年医学部在广泛征集师生意见、深入调研并经过医学教育专家充分论证的基础上，正式启动了北京大学医学部“新途径”教育、教学改革工作，主要方案为在教育、教学一体化模式下，以核心课程为基本内容，按器官系统模式构建课程体系，实施小组讨论式（PBL）教学。明确基础医学阶段培养的四大目标为：掌握基础医学学科的基本知识点；培养学生基本的自主学习能力；促进基础医学知识与临床医学知识的结合；进行初步的科研思维和能力训练。在新途径教改方案中，学院坚持把强大的学科优势和科研优势转化为教学优势的思路，对学生在基础医学阶段进行贯穿全程的有具体要求的科研基本素质的训练，将创新人才培养项目作为培养方案中的一门课程要求全部基础医学和临床医学八年制学生必须参加，以进一步加强本科生创新能力和科研能力的培养，开始了第三期“创新人才培养项目”即“创新能力培养课程”的实施。